Gastrointestinal hastalıklarında beslenme tedavisi birçok hastalığı kapsar. Gastrit, reflü, ishal, kabızlık, malabsorpsiyon (emilim bozuklukları, mesela laktoz intoleransı), ülseratif kolit, crohn hastalığı, İBS bunlardan birkaç örnektir. Beslenme bunların her birinde iyileşme ve semptomların düzelmesi için oldukça önemlidir. Hepsinin beslenmesi farklı olup kişinin şikayetlerine yönelik bir beslenme programı hazırlanır.